Вполне согласна с Мариной БУХ: допсоглашение с заказчиком - отличный выход из положения. И овцы сыты, и волки целы. И считаю, заказчик прав, что поостерегся вам произвести оплату без вычета НДФЛ, в сложившихся обстоятельствах.
Заключайте допсоглашение!