Ко всему вышесказанному дополню, что неплохо бы отредактировать договор, убрав НДС оттуда, и если платёж от заказчика приходил, и в назначении платежа НДС выделен - попросить заказчика уточняющее письмо. Иначе вероятность того, что Вас заставят уплатить НДС с аванса, повышается