По заполнению книги учета доходов и расходов есть хороший материал в Консультант +. Ссылками делюсь:
По первой ссылке расписано подробно, как именно заносить доходы и расходы в КУДиР конкретно ИП на ОСНО. По второй ссылке можно посмотреть пример заполнения книги. Почитайте. Сейчас у Консультант+ можно получить бесплатный доступ на 2 дня. Думаю, после этого у вас все встанет на свои места.