Есть несколько ситуаций, когда работодатель имеет право платить ниже МРОТ:
- работа осуществляется по договору ГПХ;
- работник не вырабатывает свою месячную норму рабочего времени (например, из-за болезни);
- помимо оклада ниже МРОТ предусмотрены какие-то бонусы и доплаты, которые в сумму с окладом составляют МРОТ;
- особый график работы или система оплаты труда (почасовая, сдельная оплата, неполное рабочее время);
- работа по совместительству с оплатой в зависимости от отработанного времени.
Скорее всего, что-то из этого указано в трудовом договоре вашей жены. Никакие страховые взносы из зарплаты вычитаться, конечно, не должны.
Я ни на что не намекаю, но, когда уровень оплаты труда и условия не устраивают человека, то он меняет работу. Если вы не живете в богом забытой деревне, то, что мешает вашей жене поменять работу на другую, более высокооплачиваемую?