«ИП работает ещё в ООО» - что имеется в виду?
Одно дело, если этот человек в ООО оформлен по трудовому договору (тогда за эти доходы отчитывается ООО как налоговый агент),
Другое дело, если у ИП с ООО заключён договор оказания каких-то услуг, тогда как ИП доходы эти он декларирует сам.
Как правильно выше сказано - в году отчитываются в одной декларации по всем видам доходов, на то в 3-НДФЛ и разделы.