Добрый день.
Основной вид деятельности в госреестре имеет значение только для ИП - по нему определяется тариф страховых взносов в ФСС. Для организаций нет обязанности вносить изменения в ЕГРЮЛ при замене основного ОКВЭД на дополнительный, достаточно поступить как рекомендует Главбух_Елена.
Но если очень хочется, чтобы все было красиво, можно внести соответствующие изменения. Для этого надо подать форму Р14001. Ничего сложного в ней нет, платить за это 3-5 тыс. нет необходимости.