Добрый день.
В общем случае подряд предполагает выполнение определенного комплекса работ. Стоимость работ по договору, как правило включает материалы подрядчика. Поэтому оформлять отдельные документы на материалы нет необходимости. Пр этом не важно. подрядчик сам приобретал использованные материалы или это делал субподрядчик.
У вас какие-то особые условия оплаты материалов заказчиком? Материалы не включены в смету?