Ничего удивительного. Снятие с баланса транспортного средства - не основание не уплачивать за него транспортный налог.
Основанием является снятие с регистрационного учёта, налоговая сверяет сроки, нам уже приходили требования доначислить налог и уплатить его, так как налоговики по данным ГИБДД свои сроки посчитала и произвела перерасчёт налога.