Ссылайтесь на п.17 Постановления Пленума ВАС от 30.05.14 №33 и исчисляйте НДС из суммы по договору:
"17. По смыслу положений пунктов 1 и 4 статьи 168 НК РФ сумма налога, предъявляемая покупателю при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, должна быть учтена при определении окончательного размера указанной в договоре цены и выделена в расчетных и первичных учетных документах, счетах-фактурах отдельной строкой. При этом бремя обеспечения выполнения этих требований лежит на продавце как налогоплательщике, обязанном учесть такую операцию по реализации при формировании налоговой базы и исчислении подлежащего уплате в бюджет налога по итогам соответствующего налогового периода.
В связи с этим, если в договоре нет прямого указания на то, что установленная в нем цена не включает в себя сумму налога и иное не следует из обстоятельств, предшествующих заключению договора, или прочих условий договора, судам надлежит исходить из того, что предъявляемая покупателю продавцом сумма налога выделяется последним из указанной в договоре цены, для чего определяется расчетным методом (пункт 4 статьи 164 Кодекса)". Ваш покупатель физлицо? Тогда счет-фактура ему не нужен, можете выписать в одном экземпляре для себя. Но встает вопрос о необходимости выдать покупателю кассовый чек.