Добрый день.
Полагаю, что порядок передачи ПО должен быть отражен в договоре, иначе не понятно, как заказчик получает ПО для использования.
Безвозмездно - это всегда плохо. Я правильно понимаю, вы разработали ПО по заданию заказчика? Почему вы не хотите включить передачу прав на использование в договор на разработку?