Добрый день.
Да, вам надо внести исправления в налоговый учет: отразить в НУ списание на затраты стоимости оборудования при вводе в эксплуатацию и исключить из расходов начисленную амортизацию. Внесенные исправления надо отразить в уточненных декларациях по налогу на прибыль.
При этом уточненку за период ввода ОС в эксплуатацию вы подавать не обязаны, т.к. в этом периоде ошибка привела к излишней уплате налога на прибыль. При начислении амортизации вы завышали расходы, т.е. налог занижался, поэтому за эти периоды уточненки сдать необходимо. В вашем случае лучше уточнить все декларации, чтобы избежать начисления санкций.