Вам нужно сдать уточненную 2-НДФЛ за 2016 год, в ней в разделе 2 добавляются данные только по удержанному и уплаченному налогу (Письмо ФНС России от 02.03.2015 N БС-4-11/3283).
Пеню за задержку зарплаты в спраке указывать не нужно, так как она не подлежит обложению НДФЛ (Письма Минфина России от 02.04.2019 N 03-04-05/22860).