Как оплачиваются налоги при передаче автономным учреждением, применяющим общую систему...

Передача имущества автономным учреждением в безвозмездное пользование облагается НДС в порядке, установленном главой 21 НК РФ. Налоговая база определяется исходя из цен, сложившихся на рынке однородных услуг в сопоставимых экономических условиях, в частности, доходов от сдачи в аренду аналогичного имущества. В этом случае НДС уплачивается за счет средств передающей стороны, поскольку учреждение - ссудодатель сумму налога к оплате ссудополучателю не предъявляет.
Исключение предусмотрено для случаев передачи в безвозмездное пользование объектов основных средств органам власти и местного самоуправления, государственным и муниципальным учреждениям, государственным и муниципальным унитарным предприятиям.
Кроме того, возмещаемые ссудополучателем автономному учреждению расходы по коммунальным и иным эксплуатационным услугам, в налоговую базу по НДС не включаются. Дело в том, что учреждение не является энергоснабжающей организацией, не реализует ссудополучателю каких-либо товаров (работ, услуг), не передает ему имущественные права, а потому у него не возникает объекта налогообложения НДС.
Сам факт передачи объекта имущества в безвозмездное пользование и его возврата не влечет за собой признание доходов и расходов, так как нет перехода права собственности (оперативного управления) и, соответственно, реализации.
Вместе с тем, если имущество было приобретено за счет приносящей доход деятельности и является амортизируемым в целях налогообложения прибыли, то этот объект надо исключить из состава амортизируемого имущества. Исключение предусмотрено только для объектов амортизируемого имущества, переданных организациям госсектора, государственным и муниципальным унитарным предприятиям в случаях, если эта обязанность установлена законодательством РФ.
Если ссудодатель возмещает коммунальные и иные эксплуатационные расходы, то суммы компенсации надо учитывать в составе внереализационных расходов. Это обусловлено тем, что в ст. 251 НК РФ приведен закрытый перечень доходов, не учитываемых при налогообложении прибыли организаций. Суммы, полученные в качестве возмещения (компенсации) стоимости коммунальных услуг (услуг по содержанию имущества, переданного в безвозмездное пользование), в ст. 251 НК РФ не поименованы.
Расходы по содержанию переданного имущества в целях налогообложения не признаются, так как они не связаны с приносящей доход деятельностью. Признать можно только суммы коммунальных и эксплуатационных расходов, перевыставленных ссудополучателю.

В случае сдачи имущества в аренду по ставке ниже рыночной доначисление налоговым органом при проверке НДС и налога на прибыль в части недополученных доходов возможно только в случае, если стороны договора будут признаны взаимозависимыми. Однако налоговому органу необходимо доказать получение налогоплательщиком необоснованной налоговой выгоды.
Если же льготная цена установлена в соответствии с законом или решением органа учредителя, то для целей налогообложения доход (выручка) определяются из установленной договором цены.