При начислении пенсии, пенсионный фонд отказался включить в пенсионный стаж в качестве...

Обратимся с вами к Постановлению Правительства РФ от 02.10.2014 N 1015 "Об утверждении Правил подсчета и подтверждения страхового стажа для установления страховых пенсий", там есть п. 6:
6. К уплате страховых взносов при применении настоящих Правил приравнивается уплата взносов на государственное социальное страхование до 1 января 1991 г., единого социального налога (взноса) и единого налога на вмененный доход для определенных видов деятельности (далее - обязательные платежи). Уплата следующих обязательных платежей подтверждается:
а) взносы на государственное социальное страхование за период до 1 января 1991 г. - документами финансовых органов или справками архивных учреждений;
б) страховые взносы на обязательное пенсионное страхование за период до 1 января 2001 г. и с 1 января 2002 г. - документами территориальных органов Пенсионного фонда Российской Федерации;
в) единый социальный налог (взнос) за период с 1 января по 31 декабря 2001 г. - документами территориальных налоговых органов;
г) единый налог на вмененный доход для определенных видов деятельности - свидетельством и иными документами, выданными территориальными налоговыми органами.

Тогда все что платили до 1 января 1991 - там написано где взять. Потом были взносы в пенсионный, но в силу каких-то причин вы их не уплачивали, если не найдете подтверждения оплаты - в стаж этот период не войдет. Пенсионный не обязан был бегать за вами, а в силу каких-то причин сами вы их не уплатили.
По поводу режима наибольшего благоприятствования никаких разъяснений именно по тому периоду найти не удалось. В данном случае действия ПФР не противоречат законодательству.