Интересно. А что в договоре написано? Кому принадлежат права на программу?

1.1. В соответствии с условиями настоящего Договора Исполнитель на основании заказов Заказчика разрабатывает программное обеспечение (далее - ПО) и предоставляет Заказчику исключительные права на использование этого ПО в любой форме и любым способом, а Заказчик обязуется оплачивать разработку ПО в порядке и на условиях, предусмотренных настоящим Договором. 1.2. Исполнитель обязуется для Заказчика в сроки, обусловленные настоящим договором, разработать за плату ПО в соответствии с техническим заданием на разработку ПО, отраженным в Приложении к настоящему Договору, являющемся неотъемлемой частью настоящего Договора. 1.3. Условия разработки ПО, а именно этапы разработки ПО, а также стоимость разработки ПО, в том числе и поэтапно,определяются в Приложении №2 к настоящему Договору, являющемся неотъемлемой частью настоящего Договора.