Так как организация доначисляет доход в виде заработной платы в январе 2017 года, то дополнительно начисленная сумма является доходом января. То есть организация должна была удержать НДФЛ в момент выплаты вам заработной платы. По идее эти данные должны были отразиться в справке 2-НДФЛ за 2017 год. Может быть, вам переделают справку, если вы обратитесь в бухгалтерию? Тогда вы сможете вернуть данный НДФЛ по итогам 2017 года. В этом случае вы заполните 3-НДФЛ на остаток вычета. Особенность повторной декларации будет в том, что кроме информации о собственности жилья, его работодателе, доходах и сумме удержанного НДФЛ в ней нужно будет указать сумму предоставленного в предыдущем году вычета и сумму остатка вычета перешедшего с того года.
Либо, вы можете подать уточненную декларацию за 2016 год с указанием суммы имущественного вычета, которую вы уже получили на руки и соответствующим заявлением. Уточненная декларация 3-НДФЛ будет заполняться так же как и первоначальная, но с правильными данными. На титульном листе в специальном окошке проставите порядковый номер корректировки. Если уточненку за период подаете первый раз, то поставите цифру 2. Не забудьте в этом случае вместе с декларацией подать в ИФНС сопроводительное письмо, где укажите причину ее подачи. Но в этом случае вам придется снова ждать несколько месяцев.
Вообще вопрос у вас сложный, с зарплатой не понятно что. А вы не пробовали обратиться в вашу ИФНС? Там вам точно скажут как быть в данной ситуации.