А ещё дополню предыдущий вопрос, в дополнительном соглашении к основному договору прописан...

Работодатель прав. Дополнительный отпуск формально начилсяется за фактичсеки отработанное  в неблагоприятных условиях время, это прямо указано в СТ. 121 ТК РФ. Согласно нормам ст. 302 ТК РФ  гарантии и копенсации сотрудникам работающим вахтой  на Крайнем Севере и выезжающим на нее из других районов исчисляются тольок за время вахты и время в пути. Указанный Вами именно дополнительный отпуск как раз и относится к оподобным гарнатиям.

Поэтому стаж для отпуск как бы "половинится" на законных основаниях.

Приведенны Вами выше аргумент об отработке нормы рабочего времени на Вахте, хотя и встречается влитературе, фактически в судебной практике повсеместной поддержки пока не нашел(например см. Определение Московского областного суда от 27 декабря 2011 г. по делу № 33-29388). У Вас есть очень призрачный шанс отстоять свою позицию в суде. 

На текущий момент подходы по этому вопросу не изменились, ст. 302 ТК РФ тоже и я н евижу нарушений в подходе Вашего наботодателя.