ООО имеет сеть магазинов в розницу, сдает декларации по ЕНВД. Так же идет продажа оптом...

Оптовая торговля - это торговля для последующей перепродажи. Оптовая торговля может быть или на УСН, или ОСНО. Главное, чтобы вы подпадали под критерии применения УСН. Просто многие организации предпочитают работать с контрагентом на ОСНО, чтобы была возможность взять в зачет НДС по покупкам. Более выгодным для вас будет УСН «доходы минус расходы», так как, если вы будете платить УСН 6%, то делать это будете со всего вашего дохода, а расходы на приобретение товаров для перепродажи учитываться не будут. Поэтому лучше выбрать УСН «доходы минус расходы».

Работая на УСН, вы можете выставлять покупателю счет-фактуру с указанием НДС, но так как по определению вы не являетесь плательщиком НДС, то зачесть сумму НДС в свои расходы вы не имеете права. Но если вы выставите счет-фактуру с указанием НДС, то вы должны будете сдавать декларацию по НДС. То есть, если простыми словами, работать по УСН с выставлением счетов фактур вам не выгодно по двум причинам:

Вы не уменьшаете свою базу для исчисления налога.

Добавляете административную нагрузку для себя в виде сдачи декларации НДС.

Но при этом работа на УСН значительно снижает финансовые затраты и уменьшает сдачу отчетов в отличие от общей системы налогообложения. Думайте :)))