ООО на УСН (доход-расход), для выполнения работ были перечислены денежные средства в полном обьеме...

Здравствуйте. При упрощенке именно день поступления денег является датой для учета поступившего дохода. Причем не важно, произведена отгрузка товара, выполнена работа или нет. Таким образом, как ни крути, а деньги, которые у вас поступили от вашего клиента в последний день квартала, нужно будет учитывать в доходах при расчете УСН-налога за 2017 год. Можно было бы, конечно, их вернуть на расчетный счет клиента, как ошибочно перечисленные, и чтобы он их перечислил уже в следующем отчетном периоде, тогда бы вы их включили в доходы за 2018 год. А там уже скорректировали их на затраты. Но уже поздно, вы, наверное, эти деньги уже пустили в оборот.
Теперь уже действовать только по Налоговому Кодексу. УСН-налог вы можете уменьшить на величину расходов. Но Налоговый Кодекс разрешает учитывать в УСН только виды расходов из специального списка в ст. 346.16 НК РФ, который является закрытым, т.е. на практике его нельзя дополнить новыми пунктами. Могу вам только посоветовать пересмотреть все ваши расходы, начиная с января 2017 года, может, найдете такие расходы, которые вы не учли. В противном случае, придется рассчитывать налог с учетом этого последнего поступления денежных средств.