Добрый день!
С НДФЛ все непросто, для разных выплат работникам сроки уплаты НДФЛ тоже разные. По общему правилу с зарплаты НДФЛ исчисляется только в последний день месяца, а перечисляется при выплате дохода за месяц. Вообще уплата любого НДФЛ привязана к выплате дохоа, а не к начислению, так как выплачивается из дохода сотрудника. Перечислять НДФЛ за счет средств организации нельзя.
По отпускным и больничным срок перечисления НДФЛ - последний день месяца, в котором были эти выплаты произведены.
Вы пересчитайте у себя внимательно, какие уплаты НДФЛ были лишними (и были ли). В принципе любую переплату можно зачесть или вернуть по заявлению в налоговую.