Добрый день.
В бухучете начисление услуг производится на дату подписания акта оказанных услуг. Страховые взносы также начисляются при подписании акта.
Для НДФЛ дата получения дохода по ГПД - дата выплаты. Поскольку у вас было две выплаты по каждому договору, то НДФЛ должен быть удержан и перечислен в бюджет дважды: при выплате аванса и при окончательном расчете.
Например, всего по договору вы должны заплатить 15000 руб. 10.07.19 выплата аванса 5000 руб. В должны перечислить физлицу 4350 руб. (5000-13%) и не позднее 11.07.19 - 650 руб. НДФЛ в бюджет. 05.08.19 производите окончательный расчет по договору: 15000 - 5000 = 10000 руб. Физлицу перечисляете 10000 - 13% = 8700 руб. и, не позднее 06.08.19, в бюджет НДФЛ 1300 руб.