Добрый день!
Я вам настоятельно советую в 1С делать все операции с помощью тех документов, которые для этого предусмотрены в программе. То есть для внесения поступлений и расходов по банковскому счету использовать документ Поступление на расчетный счет или Списание с расчетного счета. Как вы в нее попадете: через банковские выписки или через общий журнал - не важно.
Если я непонятно изложила, уточните вопрос)