Ну да. Получается, вы просто начислили зарплату, но не выплатили ее. Налог не удержали, так как удерживать не с чего, так как нет выплаты.
2 раздел не заполняете, если нет фактических выплат.
У налоговой появятся вопросы? Ну по поводу НДФЛ, строго говоря, нарушений нет. Нет дохода – нет НДЛФ. А то, что не выплачивали зарплату – это нехорошо)