Присоединяюсь к вопросу выше. Какие декларации по НДС видят налоговики у фирмы на УСН в 2017 году? Скорее всего, какая-то ошибка у них самих.
Обращаю внимание, что следует соблюдать срок предоставления пояснений. Он 5 дней. Поэтому следует что-то им отправить.
Поскольку налицо "недопонимание" советую срочно отправить документ, который озаглавить "Пояснения", указать, что по требованию такому-то. И написать, что вы не сдаете декларации по НДС в 2017, т.к. вы на УСН с 01.01.2017 (о чем есть сведения в налоговой, надеюсь, вы подавали уведмление о переходе). В отношении периодов с 2014 по 2016 напишите, что по вашим данным расхождений нет и все вычеты и восстановления, в том числе при переходе на УСН, отражены верно.
Пусть сами ищут в чем ошибка и уточняют еще раз.