Здравствуйте!
А в какие сроки происходило получение аванса и возврат его части? И когда произошла отгрузка под аванс?
Дело в том, что по общим правилам с/ф на 100 000 вы должны были выставить не позже 5 дней с момента получения денег (ст. 168 НК РФ). То есть, если все расчеты заняли больше 5 дней - у вас бы должен быть выставлен с/ф на 100 000, к которому вам надо сделать корректирующий документ на фактические 95 000. То есть будут 2 с/ф, которые, в итоге, дадут вам 95 000 реализацию, а покупателю - 95 000 в вычет.
Если с/ф вы еще не выставляли или если уже успели сделать отгрузку - то можете выставить с/ф сразу на 95 000.