В 2016 году организация заключила договор с ДНП на выполнение работ с НДС и получила аванс. С...

В период применения общего режима налогообложения при получении авансовых платежей в счет предстоящей отгрузки товаров (работ, услуг) налогоплательщик НДС обязан исчислить и уплатить в бюджет сумму НДС с аванса (п. 1 ст. 167 НК РФ). При отгрузке товаров (выполнении работ, оказании услуг) у налогоплательщика возникает право на налоговый вычет суммы НДС, исчисленной при получении предоплаты (п. 8 ст. 171, п. 6 ст. 172 НК РФ). См. также письмо ФНС России от 10.03.2011 N КЕ-4-3/3790.
Если аванс получен в период применения общего режима, а отгрузка товаров (выполнение работ, оказание услуг) происходит уже в период применения УСН, право на вычет сумм НДС, исчисленных и уплаченных с авансовых платежей, у налогоплательщика, находящегося на УСН, отсутствует, поскольку он уже не является плательщиком НДС (п. 2 и 3 ст. 346.11 НК РФ) и нормы главы 21 НК РФ на него не распространяются (см. письмо УФНС по Московской области от 26.02.2007 № 23-26/0252). Вычет НДС с аванса невозможен и в том случае, если в момент отгрузки товаров (работ, услуг) продавец, уже находящийся на УСН, выставит покупателям счета-фактуры с выделенной суммой налога и уплатит эту сумму в бюджет. См. также письмо Минфина России от 01.04.2008 № 03-11-05/78.
Вместе с тем п. 5 ст. 346.25 НК РФ предусматривает, что суммы НДС, исчисленные и уплаченные на общем режиме с сумм предоплаты, полученной до перехода на УСН, в счет поставок, осуществляемых после перехода на УСН, подлежат вычету в последнем налоговом периоде, предшествующем месяцу перехода налогоплательщика на УСН, при наличии документов, свидетельствующих о возврате сумм налога покупателям в связи с переходом налогоплательщика на УСН (п. 5 ст. 346.25 НК РФ). Таким образом, чтобы вернуть сумму НДС покупателю, необходимо этот вопрос с ним согласовать до перехода на УСН путем внесения изменений в договор об исключении НДС из состава цены. Если налогоплательщик не осуществил возврат указанных сумм НДС покупателям в связи со своим переходом на УСН, то права на вычет сумм НДС, исчисленных и уплаченных с авансовых платежей, у него не возникает.