Заполняю декларацию по 6НДФЛ за 9 мес 2017 года. Был выплачен аванс за август 25.08.2017 , затем...

На основании п.2 ст. 223 НК РФ определение налоговой базы (дохода) осуществляется на последний день месяца, за который он выплачивается. Аванс - часть дохода, окончательная выплата которого не производилась, то есть возможности удержать налог у компании по этим 2 сотрудникам не было. Удержание же НДФЛ осуществляется в день выплаты этого дохода (п.2,3 ст. 226) Поскольку выплаты дохода по этим 2 сотрудникам не было, начислять и удерживать НДФЛ в данном случае не нужно. То есть за 9 месяцев заполняется только раздел 1 в части начисенной базы, раздел 2 не заполняется, позднее, когда доход ими будет получен, налог исчислен и удержан будут оформлены соотвествующие суммы в разделе за год.
Такой подход подтвержден Письмом ФНС России от 24.05.2016 N БС-4-11/9194.