Наша организация по камеральной проверке не предоставила счет-фактуры в количестве 5 штук...

А счета входящие или исходящие? И по какому поводу проверка? Конкретно на возврат?

Ольга, добрый день! Ситуация, конечно, не очень хорошая. Вы должны были представить документы, по требованию налоговиков, в течение 10 рабочих дней со дня его получения. Если вы не укладывались в срок, надо было направить в налоговую письмо в произвольной форме с просьбой продлить срок с указанием причины продления согласно п.3 ст. 93 НК РФ. Сделать это надо было на следующий день после получения требования. Теоретически, раз вы не подали эти документы, но они все же были показаны вашими контрагентами по встречке, эти документы, а значит и операции, которыми они сопровождались, действительно имели место быть. Попробуйте, составить объяснительное письмо, указав какую-то весомую причину непредставления документов в срок, и представьте эти документы сейчас. Ожидать ли милости в таком случае от налоговой инспекции – шанс всегда есть. А так за каждый непредставленный документ организацию можно оштрафовать за каждый такой документ на 200 руб. согласно п.1 ст. 126 НК РФ, а руководителя на 300-500 руб. согласно ч. 1 ст. 15.6 КоАП РФ. А главное, налоговики в случае отсутствия счетов-фактур могут снять вычет (раз организация не предоставила счета-фактуры, то вычет сумм входного НДС неправомерен), доначислить НДС и оштрафовать за неуплату налога на 20% от неуплаченной суммы. Поэтому, действуйте, если не удастся избежать штрафа за непредставленный вовремя документ, то по крайней мере, возможно удастся избежать снятия вычета по НДС.