Получили аванс 400000, работы еще не закончены, что делать с НДС, квартал заканчивается

Георгич, в чём суть вопроса?
согл.статьи 154 Налогового кодекса РФ "налоговой базой в данном случае будет являться вся сумма полученной предварительной оплаты".
Или Вас смущает 5-тидневный срок, в течение которого выписывается счёт-фактура на аванс полученный? (в случае, если эти 5 дней "перешагивают" за отчётный период)

http://nalog-nalog.ru/nds/nalogovaya_baza_nds/kakoj_obwij_poryadok_ucheta_nds_s_avansov_poluchennyh/

Добрый день! Согласно п. 1 ст. 167 НК РФ моментом определения налоговой базы по НДС, по общему правилу, признается наиболее ранняя из следующих дат: день передачи работ (услуг) или день оплаты, в т. ч. частичной оплаты в счет предстоящих работ, услуг. По п.4 ст. 164 НК РФ вы обязаны исчислить НДС с полученного аванса к уплате в бюджет по ставке 18/118 (10/110). Счет-фактура должен быть выставлен в течение 5 дней. Когда работы ваши будут закончены, о чем будет свидетельствовать подписанный акт сдачи-приемки работ, вы сможете взять в зачет НДС с суммы полученного аванса. В противном случае, вас могут привлечь к ответственности по ст. 122 НК РФ начислить штраф в размере 20% от неуплаченной суммы НДС((400 000 *18/118)*20%), а также могут привлечь по ст. 120 НК «Грубое нарушение правил учета доходов и расходов и объектов налогообложения». Так что НДС с аванса должен быть начислен, счет-фактура выставлен, книга продаж с суммой аванса в т. ч. сформирована, отчет по НДС, где отражена данная сумма, сдан.

Георгич, после завершения работ Вы с легкостью поставите все ранее уплаченные суммы НДС на вычеты. Поэтому поводов для расстройства особых не вижу. Конечно денежные средства некоторые придется отвлечь из производственного процесса, но ничего не поделаешь, такое в нашей стране налоговое законодательство.