Здравствуйте!
Елена, вы ничего не упустили – в законодательстве не появилось норма, по которой договора ГПХ облагаются страховыми взносами. В 2016 году, как и прежде, исполнитель по договору подряда не может требовать оплаты больничного. Основание для такого вывода - подп. 2 ч. 3 ст. 9 закона № 212-ФЗ «О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования». Там прямо указано, что вознаграждения, выплачиваемые физлицам по договорам ГПХ, в базу для начисления страховых взносов, подлежащих уплате в ФСС РФ, не включаются. Это означает, что заказчик на законных основаниях по договору подряда страховые взносы в 2016 году не уплачивал и у исполнителя права на получение больничного нет.
Дополнительное обоснование позиции – см. в письме ФСС РФ от 15.02.2010 N 02-03-09/08-147П. Подробности хорошо изложены в статье «Договор подряда и страховые взносы: нюансы обложения».
Ваш бывший работник видимо решил, что все привычные для него выплаты (больничные, отпуска и др.) будут присутствовать и в данном случае, хотя он уже не работник вашей компании. Но он ошибается - больничный он получил бы только в том случае, если бы работал по трудовому договору. В данном случае вам нужно ему разъяснить эту законодательную норму (что при заключении договора подряда страховые взносы не уплачиваются), чтобы он не портил в дальнейшем ваши нервы и время, обратившись за защитой своих прав в трудинспекцию или в суд.