ИП приобрел ТС для оказания услуг перевозки. В  Договоре купли продажи указал себя как физ лицо....

Добрый день!
Доход от продажи имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности, облагается налогом по УСН.

Но т.к. ТС находилось в собственности меньше 3 лет, налог на доходы физического лица получится больше, чем налог по УСН, поэтому возможно ФНС потребует, чтобы заплатили НДФЛ, а не УСН. На этот случай желательно иметь доказательства того, что ТС использовалось в предпринимательской деятельности.
Если ФНС пришлёт уведомление о необходимости сдать декларацию 3-НДФЛ и заплатить НДФЛ, написать пояснения о том, что доход отражен в декларации по УСН, т.к. имущество использовалось предпринимательской деятельности, и привести или приложить доказательства/аргументы.

Тот факт, что в договоре указано физ.лицо, не имеет значения, т.к. юридически имущество для личных и предпринимательских целей никак не разделено