ООО “Ромашка” разрабатывает и продает ПО “Лепесток” из реестра отечественного софта. Партнер...

nkat, ценообразовние определяется по договорам между Вашими цветочками, т.е. вопрос цены - это вопрос согласия продавца и покупателя.

Только в редких случаях (например, розничная продажа) цена на один и тот же продукт не должна отличаться по покупателям. Как я понял, это не Ваш вариант.

Если же Ваш вопрос про цену касается именно того, должен ли применяться НДС, то это определяется действительным содержание продаваемого продукта/услуги.

Если АТ0000 это действительно право получать обновление ПО, то при соблюдении прочих условий пп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ (... прав на использование таких программ и баз данных (включая обновления к ним и дополнительные функциональные возможности)...), то этот номер не будет облагаться НДС.

Разница в ценах в приведенных примерах в НК не ограничивается, поэтому само по себе различие в ценах ни о чем "плохом" не говорит, но если при проверке будут выяснены какие-то "скрытые" обстоятельства, то они могут повлиять на выводы налоговиков. Например, в данном случае им может стать интересно, а не используется ли АТ-0000 специально для прикрытия АТ-0001, исключительно для того, чтобы особовдиться от НДС...

Но удаленно этот вопрос не решить, на то она и налоговая проверка...