ИП прекратил деятельность. Как оплатить вовремя не перечисленный НДФЛ?

У вас физлицом был гпх-договор ? Я правильно поняла? Если у ИП ГПХ-договор с физическим лицом, то это ИП выступает налоговым агентом и должно удержать с выплаты НДФЛ и перечислить его в бюджет. По выплаченным доходам подрядчику  или исполнителю вы должны отчитаться в налоговую инспекцию. В общем случае для этого по итогам налогового периода ИП сдает в ИФНС расчет по форме 6-НДФЛ. Крайний срок сдачи – последнее число месяца, следующего за отчетным периодом. Еще по итогам года сдается в налоговую справка 2-НДФЛ. Крайний срок сдачи этой справки – 1 апреля следующего года.

Если НДФЛ не был удержан, то вам нужно сообщить об этом подрядчику (исполнителю) и в вашу ИФНС. Для этого, как вам Главбух_Елена выше написала, вы подаете справку 2-НДФЛ с признаком 2 (п. 5 ст. 226 НК РФ). Срок подачи сведений о неудержанном НДФЛ – не позднее 1 марта следующего года. Крайний срок для сдачи 2-НДФЛ для закрытого ИП такой же, как и для действующих предпринимателей. Тот факт, что, к примеру, по состоянию на 1 марта или 1 апреля года, идущего за отчетным, ИП уже закрылся, роли не играет. Но вы можете сдать 2-НДФЛ и сейчас. 6-НДФЛ также нужно сдать. Тут со сроками ситуация неоднозначная, его лучше было сдать до закрытия ИП.