Жена сына - не родственник, это совершенно посторонняя женщина). Если, конечно, ранее она не была удочерена отцом мужа). Так что пересчитать стоимость аренды налоговая по умолчанию не может, придется доказывать уход от налогов.
В принципе, если в договоре срок аренды не обозначен, то договор считается заключенным на неопределенный срок и госрегистрации не подлежит. Платежи по договору вполне могут осуществляться после окончания срока аренды. Например, может быть условие о том, что последний платеж по договору производится в течение Х дней после окончания срока аренды/расторжения договора. Или, например, арендатор на дату прекращения договора не полностью расчитался с арендодателем. Из этого вовсе не следует, что можно уже и не платить или продолжать пользоваться помещением до полной оплаты. Но, если гложет червь сомнения, навскидку вижу 3 способа его убийства.
1. Формулируем в договоре условия об оплате примерно так:
Все расчеты по договору производятся при его расторжении. Если договор не будет расторгнут в течение ХХ месяцев, то начиная с ХХ+1 месяца (или с конкретной даты) арендатор ежемесячно (ежеквартально/ежегодно или с любой иной периодичностью) оплачивает Х% текущей арендной платы. Остальное - при расторжении.
В этом случае срок оплаты за первые ХХ месяцев приходится на дату расторжения, т.е. 3 года по этим платежам начинают течь только с этого момента.
2. В первоначальном тексте договора ограничиваетесь фразой о расчетах при расторжении. Далее заключаете дополнительное соглашение об оплате с ДД.ММ.ГГГГ Х% текущей аренды. Далее, при желании, процент можно менять новыми допсоглашениями. Сроки будут исчисляться так же, как в первом варианте.
3. Условие об оплате Х% включаете в первоначальный текст договора, без отсрочки. Арендатор тупо задерживает платежи. В этом случае 3 года начинают течь даты срока первого платежа.
В первых двух вариантах, если возникнет вопрос почему такие мегагуманные условия оплаты, можно, в принципе, ничего не объяснять, так договорились и все. А можно сослаться на такой способ накопления денег на старость. Мол банкам не доверяю, полученные сейчас деньги потрачу, а в кристальную честность невестки верю), а если что, можно выскать деньги по суду, хоть и хлопотно это.
Теперь о толстых партизанах, которые бродят в лесах собственника. Вспомнила еще один нюанс налогообложения доходов физлиц от аренды нежилых помещений. Налоговики в этом случае приравнивают физиков к предпринимателям, и суды их в этом поддерживают. В связи с этим, за требованием уплатить НДФЛ следует требование заплатить НДС, и эта практика уже стала обычной. Имея на руках договор аренды, действующий длительное время, будет глупо ссылаться на нерегулярность сдачи помещения и таким образом оспаривать факт осуществления предпринимательской деятельности.
Есть 2 варианта решения проблемы.
1. Заявить об освобождении от НДС по ст.145 НК. Поскольку вы пишите, что помещение небольшое, маловероятно, что стоимость аренды превысит 2 млн.руб. за 3 месяца, даже если считать по рыночной цене.
2. Собственнику зарегистрироваться в качестве ИП и сразу перейти на упрощенку. Этот вариант предпочтительнее, так как избавляет от обвинений в незаконном предпринимательстве.
Договор аренды можно не перезаключать, а внести изменения в реквизиты арендодателя путем заключения допсоглашения. В этом случае целесообразно и условия оплаты менять через допики. Т.е., регистрируете ИП Свекр и заключаете допик об изменении реквизитов и условий оплаты.
При выборе налоговой базы для нового ИП ("доходы" или "доходы-расходы") советую просчитать совокупные расходы обоих ИП.
Насколько я понимаю, сейчас расходы на содержание помещения несет ИП Невестка. Если переложить эти расходы на собственника, и стоимость аренды будет едва перекрывать сумму этих расходов и страховых взносов ИП Свекр, возможно налоговая база Д-Р окажется выгоднее. Но, повторюсь, надо просчитать на конкретных цифрах.