РЕШЕНИЕ?
Много раз перезаполнял декларацию - тестировал то так то эдак.
Есть нюанс, который я не рассказал выше: у меня есть два брокерских счета. Брокеры российские и все налоги за прошлый год заплатили (в справках 2-НДФЛ "сумма налога удержаная" и "сумма налога перечисленная" одиннаковые).
В одном из тестов я удалил оба эти дохода по брокерским счетам - и наконец то доход от сдачи квартиры в аренду сальдировался с имущественным вычетом. (это видно в PDF-документе)
Причем если добавить доход по счету от одного брокера, то доход от сдачи квартиры по прежнему сальзируется с имущественным вычетом.
А вот если включить доходы по счетам у обоих брокер, то доход от сдачи квартиры перестает сальдироваться с имущественным вычетом. 
Похоже на ошибку в алгоритмах сайта налоговой.
Позвонил на 8 800 2222222, рассказал об ошибке. Мне посоветовали отключить доходы по брокерским счетам. И сдавать 3-НДФЛ только по доходу от сдачи в аренду и имущественный вычет.
Это нормальная практика?