Мед. организация имеет право предоставить Справку в электронной форме в саму ФНС, но только на основании Заявления об отправке справки об оплате услуг от лица, непосредственно оплатившего эти услуги.
На основании переданной Справки ФНС сформирует предзаполненное Заявление на получение соц. вычета на мед. услуги.
Если мед. организация не участвует в информационном обмене с ФНС, или у неё нет технической возможности для такого взаимодействия с ФНС, получить Справку можно только в общем порядке - лично.
Если мед. организация отправляет справку на эл. почту самого пациента, то это уже происходит по договорённости с этим пациентом. Вас это почему смущает? Есть желание и время обратиться за справкой лично? Обратитесь лично.