Если на конец квартала депонированная заработная плата не выплачена, ее сумма отражается с остальной частью начисленной заработной платы в разделе 1 "Обобщенные показатели" расчета по форме 6-НДФЛ за тот отчетный период, в который входит месяц, за который осуществлены начисления. В разделе же 2 расчета данная сумма не отражается. Ее надлежит указать в разделе 2 расчета за тот отчетный период, в котором будет осуществлена выплата депонированной заработной платы (письмо ФНС России от 25.02.2016 № БС-4-11/3058@). Это один поход.
Вместе с тем, депонирование не полученной своевременно работником заработной платы означает хранение в кассе или на банковском счете суммы, полностью принадлежащей работнику, то есть суммы, подлежащей выплате работнику на руки после удержания из нее НДФЛ. Поэтому налоговый агент обязан заплатить НДФЛ с депонированной зарплаты не позднее следующего рабочего дня за днем депонирования (п.6 ст. 226 НК РФ). При подобном варианте, предлагается в 6-НДФЛ указывать полную сумму зарплаты, удержанного и уплаченного налога во 2 разделе. Это второй вариант. В этом случае, депонированная сумма должна быть уменьшена на сумму причитающегося НДФЛ и он должен быть уплачен в бюджет. Это второй подход.
Мне кажется, первый вариант все же корректнее, так как формально выплата налогоплательщику не произведена.