Те, кто обязан отчитываться электронно, и пояснения в ответ на требования камералящих налоговиков должны отправлять через ТКС. Для этого даже утвержден соответствующий формат (приказ ФНС от 16.12.2016 № ММВ-7-15/682@). Если вы отправите пояснения простым электронным письмом, есть риск, что налоговая сочтет их неподанными и оштрафует вас на 5 000 руб. (п. 1 ст. 129.1 НК РФ).
Но теперь такой штраф можно оспорить. В решении от 13.09.2017 № СА-4-9/18214@ ФНС указала, что непредставленными считаются только пояснения на бумаге. Если они отправлены электронно, но не по установленному формату, говорить о непредставлении пояснений нельзя. Значит, и штрафовать не за что.
Подробнее про штраф по ст. 129.1 НК РФ читайте в этой статье.