Если продавец выставил вам счет-фактуру по операции, которая освобождена от НДС статьей 149 НК РФ, можете принять налог к вычету. Проблем, скорее всего, не будет. Ведь даже чиновники не имеют ничего против вычета в такой ситуации (письмо ФНС от 25.03.2016 № СД-4-3/5153).
См. также «Можно ли принять вычет, если покупка освобождена от НДС статьей 149 НК РФ?».
Если претензии все же возникнут, вычет можно отстоять, аргументируя тем, что в силу п. 5 ст. 173 НК РФ выставивший счет-фактуру продавец обязан уплатить налог в бюджет. В судах этот довод работает безоговорочно. Разумеется, если операции реальны, а счет-фактура оформлен надлежащим образом (см., например, постановления АС Поволжского округа от 26.05.2016 № Ф06-9348/2016 по делу № А57-18885/2015, Московского округа от 21.12.2015 № Ф05-17185/2015 по делу № А40-113837/14, Северо-Западного округа от 12.05.2015 № Ф07-2281/2015 по делу № А05-8961/2014 и др.).