Скорее всего, «входной» НДС в этом случае пропадет. Вы не можете принять его к вычету, так как вычет без счета-фактуры даже при наличии чека с выделенной суммой налога невозможен. Учесть его для прибыли также не получится, поскольку отсутствие права на вычет НДС не является основанием для его списания в расходы. На это указывает Минфин в письмах от 19.10.2020 № 03-07-14/90913, от 25.06.2020 № 03-07-09/54634, от 13.08.2018 № 03-07-11/57127 и др.
Но всё же можно рискнуть и побороться за такой вычет в суде.
Важно! Рекомендация от КонсультантПлюс
Если вы решили принять НДС к вычету по кассовому чеку, записи в бухгалтерском учете будут такими же, как и в случае, когда есть счет-фактура продавца.
Если вы решили не принимать НДС к вычету по кассовому чеку, то...
В бухгалтерском учете не принятую к вычету сумму НДС включите...
Подробнее смотрите в К+. Пробный доступ можно получить бесплатно.