Ограничений на выставление иностранным покупателям счетов-фактур в электронном виде нет.
Когда партнер не против, а главное, имеет необходимые технические средства, чтобы принимать и обрабатывать электронные счета-фактуры, выставлять их можно совершенно спокойно. Если таких возможностей у него нет, придется оформить бумажный вариант документа в двух экземплярах: себе и контрагенту (письмо Минфина от 21.07.2016 № 03-07-08/42816).
Больше об особенностях электронных счетов-фактур можно узнать здесь.