Товары, которые продает комиссионер, являются собственностью комитента. А поскольку комитент применяет упрощенку и не является плательщиком НДС, комиссионер не должен предъявлять НДС покупателям (письмо Минфина от 24.01.2018 № 03-07-11/3556). Взять к вычету с такой покупки будет нечего.
Про перевыставление счетов-фактур по агентскому договору читайте в этой статье.