Если по условиям договора аренды земельного участка арендатор компенсирует вам расходы на уплату земельного налога, включайте компенсацию в базу по НДС. Это ваша экономическая выгода, которая имеет прямое отношение к договору аренды и связана с его оплатой. А значит, облагается НДС.
С этим соглашаются суды, включая ВС РФ (определение от 12.08.2016 № 305-КГ16-10312). И кстати, этот судебный акт включен ФНС в обзор правовых позиций высших судов (письмо от 23.12.2016 № СА-4-7/24825@). Значит, контролеры будут использовать данный вывод в работе.
Верно определить НДС-базу вам поможет статья «Порядок определения налоговой базы по НДС».