Да, платить. Поощрение от комитента за выполнение плана продаж — это доход, получаемый в ходе исполнения договора комиссии. Значит, оно увеличивает базу по НДС. На это указал Минфин в письме от 16.03.2018 № 03-07-11/16393.
А базой по НДС у посредника, напомним, будет его вознаграждение.
О счетах-фактурах у посредников читайте здесь.