Вернуть налог можно только за тот год, в котором возник статус резидента.
Например, работник устроился к вам в организацию в октябре 2016 года, а стал резидентом 15.06.2017.
В данном случае НДФЛ с зарплаты с октября по май 2017 года включительно вы должны были удерживать по ставке 30%. В июне ставка налога снижается до резидентских 13%. По ней нужно пересчитать НДФЛ, удержанный у работника с начала 2017 года, и начать зачитывать излишки в счет налога за последующие месяцы. Если до конца этого года весь налог не зачтется, за возвратом переплаты работник пойдет в налоговую.
А за 2016 год налог так останется по ставке 30%, по нему перерасчет уже не производится. На это указал Минфин в письме от 26.09.2017 № 03-04-06/62127.
Подробнее о налоговом резидентстве читайте в статье «Налоговый резидент РФ — это…».