Если работник отгулял отпуск авансом, а теперь увольняется и возвращает деньги за неотработанные дни отдыха, ранее удержанный с отпускных НДФЛ нужно пересчитать. Ведь возвращенные работником суммы перестают быть его доходом. При этом у вас возникнет переплата по НДФЛ, которую можно вернуть (Письмо Минфина России от 30.10.2015 № 03-04-07/62635).
Все об уплате НДФЛ с отпускных вы найдете в статье «Когда необходимо платить НДФЛ с отпускных».