По мнению Минфина – да, в отдельных случаях возникает. Например, если сотрудник уезжает в командировку ранее обозначенной в командировочных документах даты или задерживается в месте командировки не по служебной необходимости (например, проводит там следующий сразу за командировкой отпуск). В таких ситуациях выплаченные работнику компенсации, в частности, за проезд, следует признавать экономической выгодой и облагать НДФЛ (письмо Минфина России от 26.06.2017 № 03-04-06/40023).
Еще про НДФЛ с командировочных расходов читайте здесь.