Удерживать НДФЛ с компенсации за медосмотр не нужно, если это медосмотр, обязательный в силу законодательства. В этом случае работник не имеет никакой экономической выгоды, а значит, и подлежащего обложению дохода у него не возникает. Это подтвердил Минфин в письме от 26.12.2018 № 03-15-06/94821.
А вот в отношении взносов ведомство сделало иные выводы. Какие, смотрите здесь.