Сначала весь предъявленный при строительстве НДС нужно принимать к вычету (п. 6 ст. 171 НК РФ). После ввода объекта в эксплуатацию и начала его амортизации вычет в части, приходящейся на необлагаемую деятельность, нужно начать восстанавливать. И продолжать это делать в течение последующих 10 лет. Порядок восстановления прописан в ст. 171.1 НК РФ.
Такие разъяснения дал Минфин в письме от 30.03.2017 № 03-07-10/18453.
Аналогичный порядок вычета применяется, если объект строительства будет частично использоваться для деятельности на ЕНВД.