Вы вправе уполномочить одного сотрудника подписывать счета-фактуры и за руководителя, и за главного бухгалтера. НК РФ этого не запрещает (Письмо Минфина России от 21.10.2014 № 03-07-09/53005).
См. образец доверенности на право подписи счетов-фактур
См. образец приказа о предоставлении права подписи счетов-фактур